Noch mehr Möglichkeiten und Flexibilität bietet die Probenaufgabe direkt in das MS. Nach einmaliger Installation kann der Anwender, ohne Veränderungen an der Hardware vornehmen zu müssen, in der Software auswählen welches Probenaufgabesystem (GC oder Direkteinlaß) er benutzen möchte. Mit dem Direkteinlaß können Feststoffe oder nicht GC-gängige Proben wie Substanzen mit sehr hohen Molekularmassen (bis zu 1090 amu) untersucht und anhand ihrer Massenspektren identifiziert werden.