LC-MS/MS Methodenpaket für Zellkulturprofiling
Erfassen Sie gleichzeitig 125 Komponenten in einem einzigen Analyselauf
Die LC-MS/MS Analyse bietet ideale Voraussetzungen zur Erfassung von Profilen zahlreicher Verbindungen aus Zellkulturmedien. Häufig werden hierbei allerdings unterschiedliche Stoffklassen, beispielsweise Vitamine und Aminosäuren, aufgrund unterschiedlicher chemischer und chromatographischer Eigenschaften, getrennt voneinander analysiert. Das macht die Profilerstellung von Komponenten aus Zellkulturen zu einer sehr zeitaufwendigen Angelegenheit. Shimadzus Methodenpaket für Zellkulturprofiling ermöglicht Ihnen, im Gegensatz hierzu, die Analyse von 125 Verbindungen in weniger als 20 Minuten pro Probe. Dabei kann ein Großteil verschiedener Komponenten des Kulturmediums und der von Organismen ungesetzten und sezernierten Metaboliten gleichzeitig erfasst und quantifiziert werden. Für eine umfassende Profilerstellung wurde die aktuelle Version des Methodenpaketes um zusätzliche Metaboliten des Aminosäure- und Nukleinsäure Stoffwechsels sowie des TCA-Zyklus erweitert.
Optimierte Methode zur Analyse von Zellkulturmedien
Das Methodenpaket nutzt die Möglichkeiten der Triple-Quadrupol-MS für die Analyse von Spurenkomponenten voll aus. Dabei können sowohl hochkonzentrierte Komponenten wie Glucose und Verbindungen im Spurenbereich gleichzeitig aus ein und derselben Probe erfasst werden. Eine Verdünnungsreihe dieser Probe ermöglicht daneben die genaue Quantifizierung der Verbindungen.
Analyse von Kultur-Überständen
Sparen Sie Zeit und nutzen Sie die vorbereitete Methode für Ihre Analytik
Sie starten Ihre Analytik mit Hilfe des Methodenpakets ohne zeitraubende Entwicklung und Optimierung zahlreicher Messparameter einzelner Verbindungen.
Exzellente und Vielfältige Funktionen zur Datenanalyse
Innerhalb des Multiomics Analysen Paketes stehen Ihnen vielerlei Option zur Datenauswertung zur Verfügung. Vergleichen Sie bequem Konzentrationsänderungen von Komponenten in einem Balkendiagramm, oder beobachten Sie Veränderungen im Laufe der Zeit in einem Liniendiagramm. Zudem enthält dieses Paket einfach zu implementierende Funktionen für Korrelationsanalysen und Vulkandiagrammen, wodurch die Zeit zur Datenanalyse und Visualisierung insgesamt deutlich reduziert wird. Der gesamte Arbeitsablauf von der Messung bis zur Datenanalyse wird reibungsloser und effizienter.
Die aus dem Methodenpaket erhaltenen Daten können Sie außerdem in eine metabolische Übersichtskarte einfügen. Das vereinfacht Ihnen einen Vergleich verschiedener Analyt Mengen oder Veränderungen innerhalb Ihrer Messreihe.
Die Entwicklung der hier verwendeten Datenanalyse-Software basiert auf Funktionen, die auf der freien Plattform GARUDA™ (The Systems Biology Institute, Japan (SBI)) veröffentlich wurden.
Enthaltene Funktionen:
Volcano Plot
Die Funktion kombiniert einen T-Test und eine Fold Analyse, um Unterschiede zweier Gruppen darzustellen.
VANTED
Diese Option wurde von der Universität Konstanz, Deutschland, betreut. Sie dient zur Visualisierung und zur Analyse von Interaktionen verschiedener Datensätze. (GARUDA-Unterstützung wurde an der Monash-Universität entwickelt)
iPath
Das vom Europäischen Laboratorium für Molekularbiologie entwickeltes Datenanalyse-Tool kann zur Darstellung verschiedener Stoffwechselwege oder zur Datenzuordnung und Individualisierung verwendet werden.
Cytoscape
Diese bioinformatische Funktion wurde von dem Cytoscape-Konsortium entwickelt. Sie findet unter anderem zur Visualisierung von Stoffwechselwegen und zur Integration von Genexpressionsprofilen Verwendung. Insbesondere hilft diese Option zur Darstellung von Korrelationen und der Untersuchung von Interaktionen.
Liste der enthaltenen Komponenten
| Aminosäuren und deren Metabolite | Gruppe |
|---|---|
|
5-Oxoprolin
Alanin Asparagin Asparaginsäure Glutaminsäure Glutamin N-Acetylasparaginsäure 4-Aminobuttersäure 4-Hydroxyprolin Arginin Citrullin Ornithin Prolin Putrescin Argininosuccinylsäure 2-Aminobuttersäure 5-Glutamylcystein 5'-Methylthioadenosin Cystathionin Cystein Cystin Glutathion Homocystein Methionin Methioninsulfoxid N-Acetylcystein Oxidiertes Glutathion S-Adenosylhomocystein Glycin Serin Threonin 1-Methylhistidin 3-Methylhistidin Histidin Urocaninsäure 2-Aminoadipinsäure Hydroxylysin Lysin Pipecolinsäure Saccharopin 3-Hydroxyanthranilinsäure 5-Hydroxytryptophan Anthranilinsäure Formylkynurenin Hydroxykynurenin Indole-3-Essigsäure Kynureninsäure Kynurenine
Serotonin Tryptophan 4-Hydroxyphenylessigsäure Phenylalanin Tyrosin 3-Hydroxyisobuttersäure 3-Methyl-2-oxovaleriansäure Isoleucin Leucin Valin Alanyl-glutamin Glycyl-glutamin |
Ala, Asp und Glu MT
Ala, Asp und Glu MT Ala, Asp und Glu MT Ala, Asp und Glu MT Ala, Asp und Glu MT Ala, Asp und Glu MT Ala, Asp und Glu MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Arg MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Cys und Met MT Gly und Ser MT Gly und Ser MT Gly und Ser MT His MT His MT His MT His MT Lys MT Lys MT Lys MT Lys MT Lys MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT Trp MT
Trp MT Trp MT Tyr MT Tyr MT Tyr MT Val MT Val MT Val MT Val MT Val MT — — |
| Andere | Gruppe |
|---|---|
| 2-Ketoglutarsäure Acotinsäure Citronensäure Fumarsäure Isocitronensäure Milchsäure Apfelsäure Brenztraubensäure Succinylsäure Penicillin G 2-Aminoethanol Glycerinsäure NAD O-Phosphoethanolamin Taurin |
TCA Zyklus TCA Zyklus TCA Zyklus TCA Zyklus TCA Zyklus TCA Zyklus TCA Zyklus TCA Zyklus TCA Zyklus Antibiotika — — — — — |
| Nucleinsäuren und deren Metabolite | Gruppe |
|---|---|
| Adenin Adenosin Adenosinmonophosphat Deoxyadenosin Desoxyadenosinmonophosphat Deoxyguanosin Desoxyguanosinmonophosphat Guanin Guanosin Guanosinmonophosphat Hypoxanthin Inosin Inosinmonophosphat Harnsäure Xanthin Xanthosin Xanthosinmonophosphat 3-Aminoisobuttersäure 3-Aminopropionsäure Cytidin Cytidinmonophosphat Cytosin Deoxycytidin Desoxycytidinmonophosphat Orotsäure Thymidin Thymidinmonophosphat Thymin Uracil Uridin Uridinmonophosphat |
Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Purine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT Pyrimidine MT |
| Zucker | Gruppe |
|---|---|
| Gluconsäure Hexose (Glucose) Sucrose Threonsäure |
— — — — |
| Vitamine | Gruppe |
|---|---|
| Riboflavin Niacinamid Nicotinsäure Pantothenonsäure 4-Pyridoxalsäure Pyridoxal Pyridoxalphosphat Pyridoxin Biotin 4-Aminobenzoesäure Folsäure Cholin Ascorbinsäure Cyanocobalamin Liponsäure |
B2 B3 B3 B5 B6 B6 B6 B6 B7 B9 B9 B12 C Vitamin-like Vitamin-like |
| Interner Standard | Gruppe |
|---|---|
| 2-Isopropylmalinsäure | — |
Anmerkungen
- LabSolutions LCMS Version 5.97 oder höher ist erforderlich.
- Es liegt in der Verantwortung des Anwenders, geeignete Qualitätskontrolltests unter Verwendung von Standardproben durchzuführen, um die mit diesem Methodenpaket erhaltenen qualitativen und quantitativen Informationen zu bestätigen.
LabSolutions and LCMS are trademarks of Shimadzu Corporation.
GARUDA is a trademark of The Systems Biology Institute.