Multi-omics Analysis Package - Anwendungen

LC/MS, GC/MS Data Analysis Software

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Beispiel für eine Datenanalyse

Verwendung des Lipidmediator-Methodenpakets zur Darstellung quantitativer Veränderungen in menschlichem Plasma und Serum

Using the Lipid Mediator Method Package to Display Changes in Commercial Blood Plasma as a Function of Time

 

Die obige metabolische karte wurde in Zusammenarbeit mit der Abteilung für Lipidomik der Medizinischen Fakultät der Universität Tokio entwickelt. Weitere Einzelheiten finden Sie unter Application News 01-00250.

 

 

 

Verwendung des Cell Culture Profiling Methodenpaket zur Anzeige von Metaboliten im Zeitverlauf im iPS-Zellkulturüberstand.

Using the Cell Culture Profiling Method Package to Display Metabolic Changes in iPS Cell Culture Supernatant as a Function of Time

 

Diese Daten wurden von esearch & Development Center for Cell Therapy, Foundation for Biomedical Research and Innovation, Kobe bereitgestellt. Weitere Einzelheiten finden Sie unter Application News C209.

 

 

Umfassende Analyse von Zellextrakten und Kulturüberständen von E coli und Hefe unter Verwendung des Methodenpakets „Primärmetaboliten“.

Using the Primary Metabolites Method Package for Comprehensive Analysis of E. Coli, Yeast Extracts, and Culture Supernatants

 

Diese Daten wurden vom Engineering Biology Research Center der Universität Kobe bereitgestellt.

 

 

Verwendung des Gallensäure-Methodenpakets zur Analyse von menschlichem Blutplasma und Metaboliten im Mäusekot

Using the Bile Acid Method Package to Analyze Human Blood Plasma and Metabolites in Mouse Feces

 

Weitere Einzelheiten finden Sie unter Application News 01-00196.

 

 

 

Analyse metabolomischer Unterschiede in mutierten Drosophila mittels LC-MS und GC-MS – Integrierung von LC-MS- und GC-MS-Daten in metabolische Karten –

Analysis of Metabolomics Differences in Mutant Drosophila Using LC/MS and GC/MS

 

Weitere Einzelheiten finden Sie in den Application News 01-00410 und 01-00491

Tools zur Datenanalyse

Tools zur Datenanalyse

 

Multi-omics Analysis Package basiert auf Softwaretools (Gadgets genannt), die auf der GARUDA-Plattform veröffentlicht wurden – einer offenen Forschungsplattform, die von der GARUDA Alliance entwickelt und vom Systems Biology Institute, Japan (SBI) geleitet wird.

Zusätzliche Optionen für Ihre Datenanalyse innerhalb des Multi-omics Analysis Package

GARUDA

http://www.garuda-alliance.org/

Volcano Plot
Die Funktion kombiniert einen T-Test und eine Fold Analyse, um Unterschiede zweier Gruppen darzustellen.

EasyStats

EasyStats
Dieses Tool dient zur Visualisierung der Ergebnisse durch die Hauptkomponentenanalyse (PCA), der hierarchischen Clusteranalyse (HCA) oder Boxplots (einschließlich T-Test). Die Ergebnisse der Metaboliten-Datenanalyse können in einem einzigen Fenster angezeigt werden, um eine umfassende Bestimmung charakteristischer Veränderungen zu ermöglichen.

VANTED
Diese Option wurde von der Universität Konstanz betreut. Sie dient zur Visualisierung und zur Analyse von Interaktionen verschiedener Datensätze. (GARUDA-Unterstützung wurde an der Monash-Universität, Melbourne, entwickelt)

Cytoscape
Diese bioinformatische Funktion wurde von dem Cytoscape-Konsortium entwickelt. Sie findet unter anderem zur Visualisierung von Stoffwechselwegen und zur Integration von Genexpressionsprofilen Verwendung. Insbesondere hilft diese Option zur Darstellung von Korrelationen und der Untersuchung von Interaktionen.

Methodenpakete für Ihre Omics-Anwendungen

Primäre Metaboliten
Zellkultur Profiling
Lipidmediatoren
Gallensäure
Smart Metabolites Database™
Exakte Massendatenbank für endogene Metaboliten

* Das Multi-Omics-Analysepaket ist im LC-MS/MS-Methodenpaket für Primärmetaboliten, Zellkultur Profiling und Metaboliten enthalten.
* In der Exact Mass Database for Endogenous Metabolites gibt es keine leere Karte zur Visualisierung kurzkettiger Fettsäuren.